Movable Type 5.031 から 5.04 へのアップグレード

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FTPソフトのみで、アップグレード作業をした。バックアップは、バックアップと復元機能を使って行った。sakura とXreaにあるものをしたが、上書きアップロードでは、フォルダが上書きされない。permissionの変更が必要だったようだ。それでもアクセスするとちゃんと動いた。しかし、Xreaの方は、システム情報が5.04に変わるが、sakuraの方は、5.031のまま。フッターには、どちらも5.04と書かれているのに。システム情報を取り出すところのpermissionが異なるのか?
それで、新しくMTをsakura側にアップロードして試したが、それでもシステム情報が変わらない?ただ、機能としては、問題ない。まずは原因ははっきりしないがこれで使って行こう。ただデザインの設定は、ブログで外れたので、ここは、本当は、上書きがしても良いところと、だめな所の設定を明らかにしてもらったほうがよいか。
アップグレードウィザートが現れて来なかったのに気づいた。これが問題?mt-checkを使用としたが、構成ファイル(mt-config.cgi)がすでに存在するため、'mt-check.cgi' スクリプトは無効になっています。と言ってくる?mt-config.cgiは確かに以前のものが残っている。このせいか?